開花し、葉が赤みを帯びた色に変わる頃に、インディゴの含有量が最高に達するため、この時期に地面の高さで切る。3カ月後に再び開花し、2回目、3回目の収穫が可能である。
第1の方法：収穫後すぐに使う場合は、温水を入れた槽の中で、微生物を利用して植物を発酵させる。一定のアルカリ度を保つよう、石灰か木灰を加える。染色は槽の中で直接行う。
第2の方法：植物を窯か外気で乾燥させ、数日後に粉末にした状態で使う。
第3の方法：植物をそのまま押しつぶし、水分を除去し、丸めて乾燥させる（藍玉）。使用時には、藍玉を押しつぶし、温水を加えて発酵を再開する。その後は、第1の方法と同じである。
第4の方法：浅く水を張った槽の中で植物を発酵させる。発酵は最長20時間で、長さは気温により異なる。その後、液体を回収し、ろ過する。攪拌して酸素を吸収させ、凝集させる。アルカリ（石灰か木灰）を加えて沈殿させる。沈殿物を洗い、煮て、ろ過する。これはindigo starchと呼ばれ、次に、この生地をいくつかの塊に分ける。
染色には、パルプの染色（漉き染め）とシートの染色（紙を浸す浸し染めか刷毛で染める引き染め）という2種類の方法がある。
