La plante est coupée au ras du sol quand elle fleurit et que les feuilles prennent une couleur rougeâtre car la teneur en indigotine est la plus élevée. Elle refleurira trois mois plus tard. On peut procéder à une deuxième et troisième coupe.
Méthode directe : La plante est utilisée immédiatement : les plantes sont mises à fermenter dans une cuve d’eau chaude permettant une activité bactérienne. On rajoute de la chaux ou des cendres pour conserver un taux alcalin fixe. La teinture se fait directement dans ce bain.
Méthode des coques : La plante fraiche est broyée, égouttée et façonnée en boules (coques ou aidama) qui sont mises à sécher. Ces coques pour être ensuite utilisées, sont concassées et la fermentation est réactivée en leur ajoutant de l’eau tiède. On revient alors au premier procédé.
Méthode de la fécule d’indigo : Les pieds sont mis à fermenter dans une cuve recouverte d’une petite couche d’eau. La fermentation peut durer jusqu’à 20 heures selon la température ambiante. Le liquide est alors recueilli et filtré. Il est battu afin de lui faire absorber de l’oxygène pour l’oxyder ce qui permettra sa floculation. La précipitation se fait en ajoutant un alcalin (chaux ou une lessive de cendres). Le dépôt est rincé, bouilli puis filtré ; on parle de fécule d’indigo ; la pâte est ensuite façonnée en pains.
La teinture des papiers se fait de deux façons : teinture de la pâte à papier (sukizome) ou de la feuille (hitashizome par trempage ou hikizome par brossage).
Pour teindre du papier par trempage, les feuilles sont pincées une à une entre deux plaquettes de bois par le petit coté. Cela permet de garder la feuille plate pendant le trempage.
En général trois jarres de teinture sont préparées avec des concentrations décroissantes. Le papier est trempé dans la jarre de teinture la moins concentrée puis l’oxydation a lieu à l’air et on procède au trempage dans la jarre un peu plus concentrée. Après oxydation la feuille est trempée dans la jarre de forte concentration. L’opération peut être répétée plusieurs fois pour obtenir une couleur plus ou moins intense. La feuille est séchée en exposant sa surface à l’air. La couleur change par oxydation.