Les graines sont semées au moment de l’équinoxe de printemps (mi mars). Elles sont repiquées en mai et la première récolte a lieu en été. Les plantes sont triées, laissées à sécher pendant un deux jours et les feuilles sont séparées de la tige par battage
Méthode directe : Les feuilles sont écrasées et laissées à fermenter dans une cuve d’eau chaude permettant une activité bactérienne. Chaux ou cendres sont rajoutées pour conserver un taux alcalin fixe. L’étoffe est placée directement dans ce bain. L’oxydation a lieu quand le tissu est retiré et exposé à l’air. Cette méthode donne des bleus pâles. Il faut réitérer trempages et exposition à l’air et l’apport de feuilles fraiches pour obtenir une couleur plus intense.
Méthode des coques : Les feuilles sont entassées en une couche d’un mètre de hauteur dans un entrepôt où elles sont humidifiées et brassées régulièrement tous les trois jours. De nouvelles feuilles sont ajoutées et aspergées d’eau pendant toute l’opération. La température monte au fur et à mesure de la fermentation et peut atteindre 70°C. Le tas est ensuite recouvert d’une natte de paille pour conserver la chaleur et la fermentation se poursuit pendant une centaine de jours. Les feuilles sont broyées, égouttées et façonnées en coques ou aidama qui sont mises à sécher. Ces coques pour être ensuite utilisées, sont concassées et la fermentation est réactivée en ajoutant de l’eau tiède. Le colorant est directement extrait de la boule de feuilles (ce qui nécessite un filtrage).
Méthode de la fécule d’indigo : Après la récolte les feuilles sont laissées à sécher deux jours. Elles sont mises à fermenter dans une cuve recouverte d’une petite couche d’eau. La fermentation peut durer jusqu’à 20 heures selon la température ambiante. Le liquide est alors recueilli et filtré. Il est battu afin de lui faire absorber de l’oxygène et de l’oxyder. La précipitation se fait en ajoutant un alcalin (chaux ou lessive de cendres). Le dépôt est rincé, bouilli puis filtré ; on parle de fécule d’indigo ; la pâte est ensuite façonnée en pains.
Méthode par double fermentation: Les feuilles sont préparées suivant le procédé de fermentation classique. Puis la teinture est gardée dans les jarres plusieurs mois sans l’agiter pour éviter l’oxydation. Quand celle-ci démarre, il se forme des bulles violettes à la surface qu’on appelle « fleurs d’indigo ». Cette mousse est prélevée, séchée et écrasée pour la réduire en pigments en poudre. Ces pigments sont utilisés pour façonner des bâtonnets en les mélangeant à de la colle animale.
La teinture des papiers se fait de deux façons : teinture de la pâte à papier (sukizome) ou de la feuille (hitachizome par trempage).
Pour teindre du papier par trempage, les feuilles sont pincées une à une entre deux plaquettes de bois par le petit coté. Cela permet de garder la feuille plate pendant le trempage.
En général trois jarres de teinture sont préparées avec des concentrations décroissantes. Le papier est trempé dans la jarre de teinture la moins concentrée puis l’oxydation a lieu à l’air et on procède au trempage dans la jarre un peu plus concentrée. Après oxydation la feuille est trempée dans la jarre de forte concentration. L’opération peut être répétée plusieurs fois pour obtenir une couleur plus ou moins intense. La feuille est séchée en exposant sa surface à l’air ; la couleur change par oxydation.